Durante la mayor parte del periodo colonial Español, Santo Domingo fue uno de los centros misionales más importantes y la capital eclesiástica de Nuevo México. La iglesia fue levantada antes de 1607 por Fray Juan de Escalona y fue considerada una de las más grandes y finas misiones de Nuevo México. La Revuelta de los Pueblos destruyó esta primer iglesia y fue Fray Antonio Zamora quién construyó una nueva iglesia a mediados del siglo XVIII. Una inundación en 1886 destruyó esta iglesia y fue reconstruída nuevamente alrededor de 1895 por el Padre francés Dumarest, la cual se puede ver hasta hoy en el sitio. 

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