La Misión fue fundada por misioneros Franciscanos en 1722. De la misma manera que el asentamiento francés en Matagorda Bay, este fuerte español tampoco duró mucho, pues no se había logrado cosechar en abundancia ni atraer nativos inconversos.
Continuamente ocupada desde la llegada de los españoles en 1540, la Misión fue fundada por el Franciscano Juan Ramírez en 1629 y fue afectada por la Revuelta de los Pueblos en 1680. Misión San Estévan del Rey es la iglesia de construcción europea más antigua en Nuevo México.
Después del restablecimiento de las misiones en la región, los Zunis se unieron a las luchas armadas del pueblo en 1680 destruyendo a la Misión de la Purísima Concepción, Tanto los Zunis como los españoles abandonaron Hawikuh por completo, sin regresar nunca más.
La Inglesia de San Isidro es la iglesia más antigua de las dos que conforman Gran Quivira. Fue construida entre 1630 y 1635 de piedra caliza extraída del sitio. La iglesia midió 109 pies de largo y 29 pies de acho (33x9m aprox.).