Mission San Juan Capistrano se estableció en 1731 y el edificio contó con varios periodos. El compejo cuenta con la planta tradicional de edificios y paredes rodeando al patio central. El complejo incluye las ruinas de la segunda y tercera iglesias, los cimientos de algunos de los cuarteles residenciales, el convento, el granero, el pozo y la residencia para sacerdotes.

Postrada en una montaña rocosa, dirigida a la gente que hablaba Keresan en los pueblos de Acoma, de Santo Domingo, y de Cohití, esta iglesia fue construida con piedra y adobe en 1701, después de los trastornos causados por la Revuelta de los Pueblos en 1680. Tuvo una rehabilitación mayor en 1932 y hoy es una parroquia que funciona y permanece como unión para la comunidad en los días de fiesta, así como un lugar de reunión para los artesanos y su venta de productos. 

La misión de San Ildefonso se convirtió en el centro de actividad franciscana en el norte cuando primero se construyó. La iglesia fue quemada en la revuelta de 1696 y reconstruida posteriormente para los españoles. La nueva iglesia permaneció prácticamente sin cambios hasta 1905, cuando varias alteraciones fueron hechas y la iglesia fue completamente reconstruida. 

Esta iglesia tiene un significado arquitectónico importante al ser una evidencia física de las prácticas y técnicas constructivas utilizadas durante el periodo de la Colonia Española. Es la misión menos alterada de todo Texas y es la única en San Antonio que todavía mantiene el domo original. Es un ejemplo único del Barroco Español usado por los Franciscanos en la frontera de Texas.