El sitio arqueológico de la misión San Xavier incluye tres misiones: San Francisco Xavier de Horcasitas, San Ildefonso y la Candelaria. Fue fundada en 1745 por el Padre Mariano Francisco de los Dolores y Viana por petición de los indios nativos quiénes querían una misión en su propia área.
Fundada en 1720, esta misión fue nombrada así por San José y por el Marqués de San Miguel de Aguayo, el governador de la Provincia de Coahuila y Texas en aquel tiempo. La misión fue construida a las orillas del rio San Antonio y fundada por el Padre Antonio Margil de Jesús.
Durante la mayor parte del periodo colonial Español, Santo Domingo fue uno de los centros misionales más importantes y la capital eclesiástica de Nuevo México.
El Pueblo de Santa Clara Pueblo fue visitado por priera vez en 1541 como parte de la expedición de Francisco Vásquez de Coronado. Una misión fue establecida en 1628 como visita a el Pueblo de San Juan.
Postrada en una montaña rocosa, dirigida a la gente que hablaba Keresan en los pueblos de Acoma, de Santo Domingo, y de Cohití, esta iglesia fue construida con piedra y adobe en 1701, después de los trastornos causados por la Revuelta de los Pueblos en 1680.