Mission San Juan Capistrano se estableció en 1731 y el edificio contó con varios periodos. El compejo cuenta con la planta tradicional de edificios y paredes rodeando al patio central. El complejo incluye las ruinas de la segunda y tercera iglesias, los cimientos de algunos de los cuarteles residenciales, el convento, el granero, el pozo y la residencia para sacerdotes.

Esta iglesia tiene un significado arquitectónico importante al ser una evidencia física de las prácticas y técnicas constructivas utilizadas durante el periodo de la Colonia Española. Es la misión menos alterada de todo Texas y es la única en San Antonio que todavía mantiene el domo original. Es un ejemplo único del Barroco Español usado por los Franciscanos en la frontera de Texas.

Mission San Juan Capistrano was established in 1731 and underwent several building periods. The complex has the traditional plan of buildings and walls surrounding a central courtyard and includes the ruins of the second and third church, the foundations of some of the residential quarters, a convento (missionary quarters), granary foundation, well, and a residence.

The church is architecturally significant as physical evidence of building practices and techniques used during the Spanish colonial period. It is the least altered of all the Texas mission churches and has the only original dome of those in San Antonio.