Actualmente, el contexto original del sistema de misiones coloniales españolas através de los siglos XVII y XIX ha sido fragmentado por la política y el tiempo. El sistema se localiza atravesando una línea fronteriza internacional contemporánea creada por siglos de tratado y compras después del establecimiento inicial del sistema de las misiones. Originalmente una entidad unificada dentro de los límites de una nación, los sitios de las estructuras y arqueológicos que componen el sistema de recursos de las misiones coloniales españolas son fragmentados por las jurisdicciones múltiples de gobierno, iglesia y privadas que existen en un contexto internacional. Los antiguos sitios de misiones coloniales españolas existen en ambos lados de la frontera internacional, con el 90% de los sitios ubicados en México. Los intereses de la conservación en México se enfrentan con la responsabilidad de literalmente cientos de antiguos sitios de misiones y de evaluar la integridad de las estructuras de las misiones restantes.
Como parte de la Misión Para Chihuahua, el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) ha identificado la investigación, restoración, conservación, seguridad y difusión de recursos culturales como prioridades inmediatas. Los cuatro parques de misiones de Estados Unidos administrados por el Servicio de Parques Nacionales (NPS) son responsables de la preservación de 161 estructuras históricas y aproximadamente 9,000 acres de tierra. Otros sitios de misiones no fronterizos también se extienden hacia el este cruzando los estados de la costa del Seno Mexicano y el sureste de los Estados Unidos y dentro de Florida. Cuarenta y un sitios de misiones están bajo las jurisdicciones múltiples de los Estados Unidos a lo largo de la frontera internacional de California a Texas e incluyen entidades federales, agencias estatales y locales, sociedades históricas privadas, administración diocesana católica romana y de órdenes religiosas.
El visitante de hoy en día experimenta estos sitios de importancia cultural e histórica como lugares remotos, sin relación a otros complejos misionales ni al más amplio contexto de colonización española de la región. La variedad de agencias a cargo de la administración de estos recursos opera en un aislamiento similar, implementando diferentes políticas de investigación, conservación y recaudación de fondos. Esta falta de coordinación plantea un reto significante a la conservación continuada de los recursos de la misión colonial española.
Actualmente, los gobiernos federales, estatales y locales, como también la Iglesia Católica Romana, las organizaciones de investigación privada e instituciones académicas demandan el derecho adquirido en la administración de los recursos culturales que existen en los antiguos sitios de misiones coloniales. Muchas comunidades locales también protegen y utilizan estos sitios para el culto divino y otras actividades cívicas importantes. Como partes interesadas, estos grupos diversos han invertido mucho tiempo, esfuerzo y recursos en catalogar, interpretar y preservar estos vestigios del período colonial español. No obstante, muchos sitios de misiones se han deteriorado y enfrentan las presiones del desarrollo de las tierras de sus alrededores. Mientras tanto, la información de investigación relevante frecuentemente no se recoje de una manera consistente ni se difunde de una manera eficiente, aún entre representantes individuales dentro de la misma agencia. Finalmente, las inseguridades financieras y preocupaciones jurisdiccionales que tienen en común hacen difícil el manejo coordinado de estos recursos culturales únicos en detrimento de las agencias, comunidades anfitrionas de estas misiones y sus visitantes.